既然中醫就是在辨一個陰陽，那麼《傷寒論》與陰陽之間的關係是什麼呢？

首先要理解，如同之前文章「陰陽不玄幻」所說，陰與陽本身並沒有實質意義，而是用來描述同一事物的「相對狀態」，又或是一種「分類」，也就是在性質上相對的兩造。例如熱冷、男女、多寡都可以用陽和陰來代稱。

由於《傷寒論》講的是如何治療疾病，所以陰陽在傷寒論最大範圍的用處，就是將疾病分成了兩類。歸納《傷寒論》的內容後可以發現，其中「陽病」極大程度關係著「機體故障」，而「陰病」則與「能量虧虛」脫不了干係。

若以汽車發動為例，汽車啟動需要啟動器點火，當啟動器本身發生實質機體故障，汽車便無法發動；若啟動器完好無缺，但是電瓶電力不足或無法供電，汽車一樣無法被發動。那麼前者在《傷寒論》裡就「偏向陽病」，而後者則「偏向陰病」。

換句話說，「陽病」大概是「在能量尚足時，實質機體發生了阻滯」；而「陰病」則是「能量不足，間接導致了機體的停擺」。雖然表象類似，但機理不同。那麼《傷寒論》就是在辨這個陰陽，以決定疾病的特性，然後再以適當的方劑進行治療。

前面是以疾病的特性所作出的分類，但其實隱含了「區塊的深淺」。陽病一般是病毒或邪氣干擾了人體的淺表層，所以犯病位置偏外，屬於表病；而陰病通常是邪氣或病毒踏破了「陽所建構出的屋頂」，直接竄入了較深的區塊，犯病位置偏內，屬於裡病。那麼這個「偏外」或「偏內」也符合了陽與陰的相對關係。

我們再回到起點。陰陽本身並不具備實質意義，而只是用來「分類」。分類是進行觀察、分析、比較與研究的客觀手段，並非實質上的必要。而前面所謂的「機體故障」V.S.「能量匱乏」，或是「表病」V.S.「裡病」，也只是一個相對關係，在某些時刻並非絕對，不一定有清楚明顯的界線。疾病有時候是機體故障，有時候是能量匱乏，有時又是機體與能量同病或交互作用！

雖然《傷寒論》就是在辨一個陰陽，但以陰陽兩字來涵括所有的疾病有實際上的困難，所以仲景又將其分成了「三陽」以及「三陰」。前面所說的陽病與陰病特性仍在，而「太陽」、「陽明」以及「少陽」把陽病細分成「三陽」，「太陰」、「少陰」以及「厥陰」則把陰病細分成「三陰」。一樣可以套用前面「能量多寡」與「區塊深淺」的相對關係，但是三陽強調的依然是機體本身的阻滯，而三陰依舊是能量不足所造成的間接性機體故障。

再次強調，陰陽本身沒有實質意義，分成陽病或陰病，又或是三陽病或三陰病，不過是將疾病或區塊進行了細分，以便於觀察、分析及比較。《傷寒論》便是在此前提下展開了對於疾病的探討與對治。